Pracownicy Katedry Ichtiologii prowadzą interdyscyplinarne badania naukowe w zakresie akwakultury, rybactwa śródlądowego oraz ochrony wód. Badania te dotyczą przede wszystkim doskonalenia metod produkcji organizmów wodnych na potrzeby akwakultury i gospodarki rybackiej. Szczególną rolę odgrywają prace związane z ochroną i restytucją naturalnych oraz hodowlanych populacji ryb i raków, cennych z przyrodniczego i gospodarczego punktu widzenia. W ramach prac badawczo-rozwojowych wdrażane i rozwijane są techniki biotechnologiczne, m.in. z zakresu inżynierii genomowej, manipulowania płcią ryb, czy metod krótko- i długoterminowego przechowywania materiału biologicznego (kriokonserwacja). Istotną częścią działalności naukowej Katedry Ichtiologii są badania mechanizmów rozwoju i funkcjonowania układu płciowego organizmów wodnych, fizjologii larw i stadiów juwenalnych ryb oraz interakcji organizm – środowisko. Ważnym obszarem badawczym są też analizy oddziaływania wybranych ksenobiotyków na organizm ryb, na poziomie makro- i mikroskopowym oraz prognozowanie skutków ich obecności w środowisku na zdrowie innych zwierząt czy zdrowie człowieka. Zespół prowadzi także badania podstawowe związane z biologią i ekologią obcych gatunków ryb inwazyjnych oraz opracowaniem metod ograniczania liczebności takich taksonów w ekosystemach wodnych kraju.

Zespół od lat ma ustaloną, wysoką pozycję naukową, czego potwierdzeniem jest znaczący dorobek publikacyjny, obejmujący w dużej mierze pozycje opublikowane w renomowanych czasopismach międzynarodowych (lista Journal Citation Report), wysoki indeks cytowani, a także liczba zrealizowanych i prowadzonych aktualnie projektów badawczych. Członkowie Katedry realizowali kilkadziesiąt różnego typu grantów finansowanych ze środków krajowych (MNiSW) oraz Unii Europejskiej.