Dnia 1 września 1951 r. na ówczesnej Wyższej Szkole Rolniczej w Olsztynie powołano Katedrę Limnologii zorganizowaną i kierowaną przez prof. dr Przemysława Olszewskiego.
W 1966 r., nastąpił podział Wydziału Rybackiego i części katedr została przeniesiona do Szczecina. Pozostałe cztery katedry w tym Katedra Limnologii weszły w skład utworzonego przy Wydziale Zootechnicznym – Oddziału Rybactwa Śródlądowego.
Dnia 21 maja 1970 r., powołany został Wydział Ochrony Wód i Rybactwa Śródlądowego. Obowiązywała wówczas w Uczelni struktura instytutowa.
Katedra Limnologii weszła w skład Zakładu Chemii i Technologii Wody i Ścieków powstałego w ramach Instytutu Hydrobiologii i Ochrony Wód. W 1972 r., po śmierci prof. dr Przemysława Olszewskiego, kierownictwo Zakładu przejął prof. dr hab. Tadeusz Januszkiewicz.
Po kolejnej restrukturyzacji Wydziału i przekształceniu Zakładu w Katedrę Chemii i Technologii Wody i Ścieków, w 1983 r., kierownictwo objął prof. dr hab. Konstanty Lossow. W 1988 r., na skutek różnicowania się specjalizacji dydaktycznej i problematyki badawczej w Katedrze, została ona podzielona na dwa Zakłady:
- Limnologii Fizycznej kierowanego przez dr hab. Czesława Mientkiego, prof. UWM
- Technologii Wody i Ścieków kierowanego przez prof. dr hab. Konstantego Lossowa.
W dniu 31 stycznia 1997 r., gdy Wydział zmienił nazwę na Wydział Ochrony Środowiska i Rybactwa, Katedra Chemii i Technologii Wody i Ścieków została przekształcona w Katedrę Inżynierii Ochrony Środowiska pod kierownictwem prof. dr hab. Konstantego Lossowa. W ramach Katedry powstały dwa zakłady:
- Zakład Inżynierii Ekologicznej kierowany przez prof. dr hab. inż. Mirosława Krzemieniewskiego
- Zakład Ochrony i Rekultywacji Wód, kierowany przez dr hab. Czesława Mientkiego, prof. UWM,
Struktura zakładowa została zlikwidowana w 2005 r. Kierownikiem Katedry Inżynierii Ochrony Środowiska, łączącej oba zakłady, została wówczas prof. dr hab. Helena Gawrońska. W 2010 r. kierownictwo objęła dr hab. inż. Julita Dunalska.
Zgodnie z Zarządzeniem Nr 39/2012 Rektora Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie z dnia 25 maja 2012 roku Katedra Inżynierii Ochrony Środowiska została zlikwidowana. W miejsce katedry powstały: Katedra Inżynierii Ochrony Wód oraz obecna Katedra Inżynierii Środowiska.
W kolejnych latach Wydział Ochrony Środowiska i Rybactwa został przekształcony na Wydział Nauk o Środowisku. Z początkiem 2020 roku Katedra Inżynierii Środowiska została strukturalnie przeniesiona na Wydział Geoinżynierii - Instytut Inżynierii i Ochrony Środowiska.
Od 2012 roku kierownictwo Katedry sprawował:
- prof. dr hab. inż. Mirosławo Krzemieniewski,
- prof. dr hab. inż. Wojciech Janczukowicz,
- prof. dr hab. inż. Marcin Zieliński - obecnie