Od 30 września 2010 roku Wydział Nauk o Środowisku ma ustaloną przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego kategorię naukową A (Komunikat nr 19 MNiSW z 30 września 2010), świadczącą o najwyższym poziomie prowadzonych badań. Wydział uzyskał 9 pozycję wśród 53 ocenianych jednostek naukowych w grupie nauk rolniczych i leśnych.
Od lat na Wydziale realizowane są interdyscyplinarne badania naukowe w pięciu obszarach. Są to:

• ochrona i rekultywacja jezior: badania dotyczą określenia mechanizmów eutrofizacji wód powierzchniowych i obejmują kompleksowe metody rekultywacji;
• technologie i biotechnologie w ochronie środowiska: doskonalone są tu metody oczyszczania ścieków i unieszkodliwiania osadów, w tym metody hybrydowego zastosowania mikrofal albo reakcji Fentona; rozwijane są badania nad produkcją biopolimerów przez mikroorganizmy osadu czynnego, nad wykorzystaniem metod inżynierii genetycznej w biotechnologii środowiska i ekotoksykologii oraz nad efektywnością oczyszczania ścieków w warunkach naturalnych i w reaktorach o wysokiej koncentracji biomasy. Prowadzone są także badania nad genotoksycznością mikrozanieczyszczeń;
• akwakultura i rybactwo: badania związane są z rozrodem i produkcją materiału zarybieniowego różnych gatunków ryb, ekologią organizmów wodnych i ochroną cennych naturalnych populacji ryb i raków;
• biotechnologie w ochronie, restauracji i restytucji ryb: prowadzone są badania z zakresu genetyki ryb, ze szczególnym uwzględnieniem inżynierii chromosomowej, długoterminowego przechowywania materiału biologicznego, determinacji i odwracania płci organizmów wodnych oraz fizjologii ich rozrodu; opracowywane są zasady akwakultury zachowawczej;
• ekosystemy wodne obszarów chronionych: badania dotyczą obiegu pierwiastków w ekosystemach wodnych, zagadnień modelowania matematycznego zmian w zespołach ichtiofauny na obszarach chronionych, a także formułowania zasad gospodarowania na tych terenach, wraz z restytucją ginących, zagrożonych i rzadkich gatunków organizmów wodnych.

Wszystkie prace naukowe prowadzone na Wydziale wpisują się w programy zrównoważonego rozwoju Polski w zakresie odpowiadającym ochronie środowiska przyrodniczego, rozwojowi obszarów wiejskich, energii odnawialnej, gospodarki odpadami. Różnorodność realizowanych przedsięwzięć naukowych sprzyja tworzeniu interdyscyplinarnych zespołów badawczych, często z udziałem pracowników innych jednostek naukowych z kraju i zagranicy, w ramach współpracy regionalnej i międzynarodowej. Stąd też wynika duża rozmaitość stosowanych na Wydziale metod i narzędzi badawczych, a także coraz bogatsza oferta technologiczno-usługowa.