Zespoły badawcze Wydziału prowadzą badania naukowe stale dostosowywane do potrzeb kraju i regionu. Współpracują z innymi krajowymi jednostkami naukowymi (Polska Akademia Nauk, Instytut Rybactwa Śródlądowego, Politechnika Warszawska, Politechnika Białostocka, Uniwersytet Jagielloński, i inne), a także instytucjami, firmami i zakładami przemysłowymi regionu. Pracownicy Wydziału biorą aktywny udział w licznych programach współpracy międzynarodowej.

• Współpraca międzynarodowa
• Współpraca regionalna

Współpraca międzynarodowa. Do najważniejszych zagranicznych uczelni partnerskich zaliczyć można:

• Fachhochschule Offenburg, Niemcy
• School of Natural Resources, College of Food, Agricultural and Environmental Sciences, The Ohio State University, Columbus, USA
• Leibniz Institute of Freshwater Ecology and Inland Fisheries, Berlin, Niemcy
• Limnological Institute, Russian Academy of Sciences, Siberian Branch, Irkutsk, Rosja.
• Sam Houston State University, Huntsville, Texas, USA
• Państwowy Uniwersytet Gospodarki Wodnej i Stosowania Zasobów Naturalnych w Rivne, Ukraina
• Surmene Faculty of Marine Sciences, Karadeniz Technical University, Trabzon, Turcja

Tematyka współpracy dotyczy między innymi:

• opracowywania technologii wytwarzania aktywnych wypełnień reaktorów beztlenowych powstałych na bazie surowców z odpadowych tworzyw sztucznych oraz badań nad technologiami wytwarzania aktywnych wypełnień filtrów roślinnych powstałych na bazie surowców odpadowych ze spalania osadów ściekowych (Katedra Biotechnologii w Ochronie Środowiska);
• opracowywania i wdrażania nowych rozwiązań technologicznych związanych z oczyszczaniem ścieków przemysłowych i komunalnych, metodami przeróbki i utylizacji osadów ściekowych oraz zagospodarowania odpadów (Katedra Inżynierii i Ochrony Środowiska);
• badań monitoringowych jakości wód powierzchniowych procesów badań przebiegu procesów rekultywacji zbiorników eutroficznych metodami stosowanymi obecnie i wdrażanymi (Katedra Inżynierii i Ochrony Środowiska);
• badań nowoczesnych, przyjaznych dla środowiska i efektywnych ekonomicznie technologii produkcji i przetwórstwa ryb (Katedra Ichtiologii, Katedra Biologii i Hodowli Ryb). Badania takie wymagają specjalistycznych analiz w zakresie oceny i kriokonserwacji gamet, jakości pasz i surowca rybnego;
• charakterystyki cykli biogeochemicznych głównych pierwiastków biogennych w jeziorach i ich zlewni, analizy procesów transportu, transformacji i degradacji allo- i autochtonicznej materii organicznej (Katedra Ekologii Stosowanej)

Współpraca regionalna. Przedsiębiorstwa współpracujące z Wydziałem Ochrony Środowiska i Rybactwa: